گزارش سازمان حسابرسی نشان می‌دهد که ۱۰۲ هکتار از اراضی شهر فرودگاهی امام خمینی (ره) موقوفی است. این گزارش همچنین حاکی از آن است که ۱۲۱ هکتار از زمین‌های مورد استفاده، به نام شرکت شهر فرودگاهی امام خمینی (ره) ثبت نشده است.
علاوه بر این، ۳۲ هکتار از اراضی این شرکت در سال‌های گذشته به شرکت‌های پست جمهوری اسلامی ایران، هواپیمایی جمهوری اسلامی ایران، هواپیمایی آسمان، هواپیمایی ماهان و هواپیمایی قشم برای ارائه خدمات واگذار شده است، اما اجاره‌نامه‌ای در این خصوص امضا نشده و درآمدهای حاصله نیز به طور کامل شناسایی نشده است.
همچنین، ۴۳ واحد مسکونی و ۲۱ دستگاه وسیله نقلیه و ماشین‌آلات به نام شرکت فرودگاه‌ها و ناوبری هوایی ایران است، در حالی که ۴۷ واحد مسکونی و ۴۴ دستگاه وسیله نقلیه و ماشین‌آلات فاقد سند مالکیت هستند.
